中央纪委监察部机关内设27个职能部门，具体为：办公厅、组织部、宣传部、研究室、法规室、党风政风监督室（国务院纠正行业不正之风办公室）、信访室、中央巡视工作领导小组办公室、案件监督管理室、第一纪检监察室至第十二纪检监察室、案件审理室、纪检监察干部监督室、国际合作局（国家预防腐败局办公室）、机关事务管理局、机关党委、离退休干部局。
此外，还设有中国纪检监察杂志社、中国纪检监察报社、中国方正出版社、网络中心、网络技术中心、机关综合服务中心、信息中心、中国纪检监察学院、中国纪检监察学院北戴河校区等直属单位。中央纪委、监察部派驻纪检监察机构53个。
内设机构及职责简介
办公厅：负责处理机关日常事务，筹备组织重要会议、活动；组织起草委部有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关对外联络工作等。
组织部：负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究和制度建设；按照干部管理权限承办有关干部人事工作；负责纪检监察系统干部培训工作等。
宣传部：组织协调党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉政文化建设工作；归口管理机关承担宣传教育职能的单位；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。
研究室：综合分析党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿等。
法规室：负责提出纪检监察法规制度建设规划、计划和立法建议；起草、修订纪检监察法规制度；负责纪检监察法规制度的咨询答复、解释、立法后评估、备案审查、清理、编纂等。
党风政风监督室（国务院纠正行业不正之风办公室）：综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党风廉政建设责任制、作风建设规定、廉洁自律规定等制度规定的落实，开展党风政风监督专项检查；履行国务院纠正行业不正之风办公室职能等。
信访室：受理对党组织、党员和监察对象违反党纪政纪行为的检举、控告；按照管理权限受理不服党纪政纪处分和其他处理的申诉；处理群众来信来访和电话网络举报事项等。
中央巡视工作领导小组办公室：研究提出中央巡视工作规划、计划和方案；负责中央巡视组开展巡视的有关协调工作；向中央巡视工作领导小组报告巡视工作重要情况；承担巡视工作政策研究、制度建设工作等。
案件监督管理室：集中管理干部问题线索；统一受理下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理查办案件工作中与有关部门的联系协调事项；监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。
第一纪检监察室至第五纪检监察室：监督检查联系单位领导班子及中管干部遵守和执行党章以及其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；监督检查联系单位落实党风廉政建设主体责任、监督责任的情况；承办联系单位中管干部的违纪违法案件和其他比较重要复杂案件的初核、审查；综合、协调、指导联系单位及其系统的纪检监察工作等。其中，一室主要联系中直、政法和宣传口的单位等；二室、三室主要联系国务院部门和其他相关单位等；四室主要联系金融口的单位等；五室主要联系国资委和央企等。
第六纪检监察室至第十二纪检监察室：监督检查联系地区省级领导班子及中管干部遵守和执行党章以及其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；监督检查联系地区落实党风廉政建设主体责任、监督责任的情况；承办联系地区中管干部的违纪违法案件和其他比较重要复杂案件的初核、审查；综合、协调、指导联系地区的纪检监察工作等。其中，六室联系北京市、天津市、河北省、山西省，七室联系上海市、浙江省、安徽省、福建省、江西省，八室联系湖南省、广东省、广西壮族自治区、海南省及中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室、中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室，九室联系陕西省、甘肃省、青海省、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区及新疆生产建设兵团，十室联系内蒙古自治区、辽宁省、吉林省、黑龙江省，十一室联系重庆市、四川省、贵州省、云南省、西藏自治区，十二室联系江苏省、山东省、河南省、湖北省。
案件审理室：审理委部直接检查处理和省（部）级党组织、政府（部门）报批或备案的案件；按照管理权限承办党员、监察对象的申诉案件；承担监察部的行政复议工作等。
纪检监察干部监督室：监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党章以及其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；按照管理权限受理有关纪检监察干部违纪违法问题的举报，负责问题线索初核及案件审查工作等。
国际合作局（国家预防腐败局办公室）：承担国际交流与合作事宜；承担国家预防腐败局办公室的日常工作，组织《联合国反腐败公约》实施工作；归口管理机关外事工作等。
机关事务管理局：负责机关后勤管理和服务工作；负责机关及直属单位财务、国有资产管理和安全保卫工作等。
机关党委：负责机关党的建设；负责机关日常纪律作风建设和党员思想政治工作；领导机关纪委和工会、共青团、妇委会工作等。
离退休干部局：负责机关离退休干部（职工）的思想政治工作、党组织建设工作以及服务与管理工作等。